ВАКС, як суд першої інстанції, налічує 27 суддів: 12 із них обрані слідчими суддями, решта – утворили 5 колегій, до кожної з яких входить по 3 судді.
До повноважень слідчих суддів належить здійснення у порядку, передбаченому Кримінальним процесуальним кодексом України, судового контролю за дотриманням прав, свобод та інтересів осіб у кримінальному провадженні. Компетенція колегій – розгляд кримінальних проваджень по суті пред’явленого обвинувачення, а також позовів про визнання активів необґрунтованими та стягнення їх у дохід держави у порядку цивільного судочинства.
Апеляційна палата Вищого антикорупційного суду переглядає судові рішення слідчих суддів та суду першої інстанції ВАКС, а також рішення інших судів першої інстанції, ухвалених до початку роботи Вищого антикорупційного суду у кримінальних провадженнях щодо злочинів, віднесених до підсудності Вищого антикорупційного суду.
До складу Апеляційної палати входять 11 суддів, які утворюють 4 колегії.